V Levoči dosiahli vzbury veriacich najväčšieho rozsahu. Spišské kňazstvo a veriaci ľud, vedený nebojácnym biskupom Jánom Vojtaššákom, sa odvážne postavil na obranu svojich náboženských práv.
Situácia dosiahla prvého vyvrcholenia hneď po prečítaní pastierskeho listu dňa 19. júna. Ako v iných obciach, tak aj tu sa veriaci zhromaždili pred budovou fary, aby strážili svojich kňazov. Keď prišla skupina príslušníkov ZNB, aby ich násilne rozohnala, odmietali odísť a pokrikovali: ‚Neberte nám kňazov‘ a ‚Farárov si nedáme zobrať‘. Miestni žandári si museli privolať posilu, pri čom bolo zaistených asi 80 osôb. Trestné oznámenie bolo vydané na 51 osôb (Ján Hradiský a spol.)
Ako dôsledok tohto tvrdého postupu „situácia v okrese sa zhoršila a protikomunistická nálada vyostrila“. V takejto atmosfére nebolo možné realizovať pôvodné plány, podľa ktorých sa mala propagačne využiť v prospech „Katolíckej akcie“ tradičná levočská púť (2. júla). Vzhľadom na „protitriednu náladu a štvanie reakčných kňazov“ stranícke vedenie navrhlo urobiť opatrenia, aby sa púť vôbec nekonala. Aby to navonok nevyzeralo ako zákaz, bolo treba vymyslieť „technický dôvod“.
Zariadilo sa to tak, že prinútili okresného lekára Dr. Mikuláša Rožnaya, aby „vydal vyhlášku, že v levočskom okrese vypukol týfus, z ktorého dôvodu sa levočská púť nekoná.“
Toto nariadenie akoby bolo rozfúkalo oheň tej nespokojnosti, ktorá tlela medzi obyvateľstvom po rozohnaní nedávneho protestu (19. júna). U ľudí tento úradný zákaz iba potvrdil podozrenie, že komunisti chcú vytvoriť vhodnú príležitosť pre svoj pôvodný úmysel: zobrať kňazov. A preto ďalej – nenápadne, ale tým ostražitejšie – sledovali všetko, čo sa okolo fary deje.
Dňa 25. júna vošiel do farskej budovy bezpečnostný referent Okresného národného výboru (ONV) Ján Kozák. Podľa komunistickej verzie išiel predvolať kanonika Vojtasa do úradovne ONV, kde ho mali oficiálne upovedomiť o zákaze levočskej púte a požiadať ho, aby tíšil veriacich, u ktorých by táto správa vyvolala pobúrenie. Ľudia si však mysleli, že im idú brať kňazov. A to stačilo, aby sa v Levoči odohrala v priebehu jedného týždňa už druhá vzbura.
Podľa policajného hlásenia, „reakcionári využili napätý pomer medzi cirkvou a štátom k tomu, aby vyvolali nepokoje, rozširujúc nepravdivú správu, že z popudu komunistov budú zaistení kňazi. Pred katolíckou farou sa zhromaždil početný dav, časť ktorého bola ozbrojená sekerami, drúkmi a palicami za účelom zabránenia zaisteniu rímskokatolíckeho farára Jozefa Vojtasa a vybíjania svojej nenávisti proti komunistom násilnými činmi.“
Pred faru dobehli aj stranícki funkcionári sprevádzaní ozbrojenou hliadkou polície. Najprv predseda Okresného akčného výboru Štefan Stanek a po ňom predseda ONV Andrej Ondrejčák prehovárali zhromaždených, aby sa rozišli. Ale ľud vraj reagoval na to tak, že oboch rečníkov „napadol a inzultoval“.
Pred hnevom ľudu sa rečníci a ich policajný sprievod stiahli do budovy ONV, kam zobrali so sebou aj jedného „výtržníka“, Jozefa Ríša, ktorého pred farou zatkli. Zástup sa vybral za nimi, obkolesil budovu ONV i stanicu Zboru národnej bezpečnosti (ZNB) a „dožadoval sa dotiaľ krikom a vyhrážaním prepustenia zaisteného Jozefa Ríša, kým NB skutočne, aby zabránila násiliu, ho prepustila na slobodu.“
Tento úspech posmelil zástup a jeho hnev sa teraz obrátil na predstaviteľov tyranskej vlády, ktorá siaha na jeho vieru a na kňazov. Podľa hlásenia okresného tajomníka KSS Michala Pastiera generálnemu tajomníkovi KSS Štefanovi Bašťovanskému vzbúrenci „napadli domy miestnych členov KSS Adama Kaspera a Antona Michalíka… ďalej rozbíjali okná a hádzali kamene do bytu predsedu ONV a po zaistení štyroch výtržníkov na stanici NB domáhali sa opäť ich prepustenia, vybíjajúc okná budovy a snažiac sa sekerami a drúkmi vylomiť uzamknutú bránu, prejavujúc po celú dobu svoj nepriateľský postoj voči komunistom rozličnými nadávkami na komunistov.“
Iba privolaná posila bezpečnostných orgánov pomohla vyslobodiť obliehanú stanicu NB, ale aj to len „po poplašnom vystrelení z guľometu a samopalu… Zástup sa potom vrátil k fare, kde vyčkal do 7. hod. ráno, na čo sa rozišiel.“ Po utíšení vzbury nastalo vyšetrovanie a zaistenie.
Trestné oznámenie bolo podané na 130 ľudí. Súd sa konal dňa 24. októbra 1949 a odsúdených bolo 32 Levočanov spolu na 76 rokov a 4 mesiace.
Levočské udalosti mali svoje ďalekosiahle následky nielen medzi veriacimi, ale aj v kádroch strany. Dňa 5. septembra 1949 informuje okresný sekretariát v Levoči kanceláriu generálneho sekretára KSS, že na vidieku mnohí členovia sa „boja priznať k strane“, inde zas zo strany vystupujú. „Tiež členovia strany, zvlášť v Levoči, i keď doteraz ani jeden nevrátil legitimáciu, nenašli správny triedny postoj ku Katolíckej cirkvi. Viazaní sú mnohí rodinným príbuzenstvom k odsúdeným v levočských udalostiach a tiež z lokálpatriotizmu spolucítia, ba držia s reakciou.“
(František Vnuk: Pokus o schizmu a iné proticirkvné opatrenia v rokoch 1949-1950, Ústav dejín kresťanstva na Slovensku, Bratislava 1996, s. 65-67)